Il est orphelin, et un secret terrible l'entoure depuis sa naissance. En effet, Naruto ne le sait pas tout d'abord, mais un démon, le démon renard à neuf queues, a été scellé en lui à sa naissance. En effet, ce démon a saccagé le village de Konoha le jour où il est né, et le seul sortilège connu pour s'en débarrasser était de le sceller dans le corps d'un nouveau-né... et c'était Naruto. Seuls les adultes du village sont au courant, car ils ont caché ce secret aux enfants. Naruto ignore donc pourquoi tous les adultes le traitent avec répulsion, et si ce n'était pas pour l'amitié d'Iruka, son sensei (maître), sa vie serait une terrible solitude. Naruto possède un caractère de battant, et son souhait le plus cher est de devenir le Hokage de son village; pour acquérir la reconnaissance des villageois. Pour cela il devra monter de nombreux échelons, comme battre Sasuke Uchiwa.
Il possède en lui le chakra du démon renard à neuf queues : Naruto a donc deux chakras, dont un quasiment inépuisable, celui de Kyûbi (traduit : Kyû : neuf / bi : queue), qu'il apprendra à maîtriser petit à petit. Son propre chakra est jaune(Tome 11 page 21). Dans la deuxième partie du manga, Yamato lui conseille d'utiliser son propre chakra car c'est grâce à ce chakra que Naruto peut supporter le chakra de Kyûbi qui le blesse quand il l'utilise. De plus son chakra vaut le double de celui de Kakashi.
Si Naruto réussira parfois à puiser dans le chakra rouge de Kyûbi, celui-ci peut parfois se manifester plus ou moins fortement avec l'accord plus ou moins conscient de Naruto. La première fois que Naruto utilise le chakra de Kyûbi, cela se passe au début du manga, dans le combat contre Haku, après la mort supposée de Sasuke. Naruto, pris de rage, se retrouve entouré de chakra rouge, devient plus puissant alors que ses yeux virent au rouge, que ses mains développent des griffes, que ses dents s'allongent et que les traits qu'il porte sur les joues s'épaississent. Plus tard (contre Sasuke à la fin de la première partie du manga), Naruto laisse en partie sortir Kyûbi qui se manifeste comme une enveloppe de chakra rouge en forme de renard autour de lui. Naruto garde le contrôle mais devient plus bestial, l'enveloppe renard n'a qu'une queue. Une autre fois (contre Deidara), Naruto laisse sortir Kyûbi jusqu'à ce qu'une deuxième queue commence à se former. Il est maîtrisé rapidement par Kakashi qui a été averti par Jiraya que Naruto devenait extraordinairement puissant mais perdait le contrôle à partir du moment où le chakra l'enveloppant développait une quatrième queue... Très récemment(contre Orochimaru), Naruto, dans un état émotionnel très instable, développe d'abord trois puis quatre queues. Sous cette dernière forme, sa peau s'arrache, il se recouvre de son propre sang et perd presque toute apparence humaine au profit d'une allure bestiale. On comprend donc que plus il y a de queues, plus Kyûbi est libre et moins Naruto est humain.
Dans cette histoire il tombera amoureux de Satsumy.
